Masterplan merupakan satu kunci penting bagi perkembangan STIKES Muhammadiyah Wonosobo. Masterplan ini berfungsi sebagai rencana induk pengembangan kampus yang memberikan arahan pembangunan kampus secara jangka panjang. Proses perencanaan masterplan terbagi menjadi 3 fase yaitu pengumpulan data dan analisis awal, perumusan konsep dan alternatif, serta penyusunan masterplan dan rencana detail. Output dari masterplan merupakan dokumen masterplan serta video visualisasi 3D.
