Selaras dengan namanya, Masjid GreenHills berlokasi di salah satu komplek perumahan elit GreenHills Residence di daerah Sleman, Yogyakarta. Tepatnya, site masjid berlokasi di tanah wakaf di tengah area komplek, yang juga berdekatan dengan fasilitas clubhouse. Dengan lokasi site masjid yang berada di tengah komplek, aksesibilitas menuju masjid menjadi lebih adil bagi seluruh penghuni. Konsep modernism akhirnya dipilih menjadi konsep yang diterapkan agar Masjid GreenHills menjadi tempat peribadatan yang fungsional dan tercipta ruang-ruang yang efektif dan efisien.
Denah ruangan pada Masjid GreenHills terbagi berdasarkan tiga zonasi, yaitu zona utama untuk sholat, zona penunjang, dan zona privat. Pada lantai satu dan dua, zona utama merupakan ruang utama yang berfungsi menjadi ruang sholat dengan pembagian lantai satu untuk jamaah laki-laki, dan lantai dua untuk jamaah perempuan. Zona penunjang pada lantai satu dan dua terdiri dari toilet, ruang wudhu dan gudang. Zona privat pada lantai satu merupakan ruang transit imam, dan pada lantai dua untuk ruang marbot. Pada lantai tiga sepenuhnya merupakan zona penunjang yang terdiri dari ruang service serbaguna. Terdapat pula area selasar dan serambi masjid untuk menunjang kegiatan muamalah.
Pada bagian interior masjid, penggunaan material didominasi oleh material yang berhubungan dengan alam seperti granit tile dan plafon kayu, dengan paduan warna netral. Pada area utama atau area sholat, diberi sekat berupa window wall untuk memisahkan area tersebut dengan area selasar. Void yang terdapat di lantai satu hingga tiga membuat interior masjid menjadi lebih luas dan lapang. Adanya void dan sekat berupa window wall pun sangat membantu persebaran cahaya alami pada ruang sholat masjid. Double skin façade dengan krawangan GRC menjadi ciri khas dari Masjid GreenHills yang mudah dikenali ketika melihat eksterior masjid tersebut. Krawangan bermotif geometris islami menjadi pilihan elemen eksterior dekoratif yang pas untuk memperkuat penggambaran citra islam yang menjadi tampilan eksterior Masjid. Selain sebagai elemen dekoratif eksterior, secondary skin dengan krawangan ini pun berfungsi sebagai sunshading pada lantai dua dan tiga.
